关于染色体可及性检测方法

LSPdaihao999

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Chromatin accessibility profiling methods
    染色质可及性是指染色质的物理压实程度。染色质是由DNA和主要由组蛋白、转录因子(transcription factors，TFs)、染色质修饰酶和染色质重塑复合物组成的复合物。虽然真核生物的基因组通常被封装在核小体中，核小体由约147bp的DNA包裹在组蛋白的八聚体上，但核小体在基因组中的占据情况并不均匀，并且在不同的组织和细胞类型中存在差异。核小体通常在代表顺式调控元素（增强子和启动子）和其他与转录调节器（如TFs）相互作用的位置被耗尽，导致可接触的染色质。
1 n" ~8 p8 _# c+ k    在全基因组范围内对染色质可及性进行分析，是从细胞类型或细胞状态中推断调控元素的一个很好的工具。
- a, b% r; d6 n+ n& `0 g    染色质的翻译后化学修饰，包括DNA甲基化(在脊椎动物中)和组蛋白甲基化和乙酰化，是不同细胞状态之间的动态变化，类似于核小体定位。这些修饰改变了染色质的物理化学特性，这反过来又能影响转录凝集物（ transcriptional condensates）的形成。此外，活性染色质重塑影响核小体占据；例如，SWI/SNF复合物利用ATP水解改变组蛋白DNA接触，从而重新定位或去除核小体。染色质可及性的最初变化是由TFs的结合引起的，TFs竞争组蛋白并招募辅助因子，包括ATP依赖的染色质重塑器，或者由TFs优先结合到它们在核糖体DNA中的识别序列上。这些被称为先锋因子（ pioneer factors）的初始TFs的结合可以招募其他TFs共同结合并进一步稳定核糖体缺失区域，进一步促进对目标基因的基因表达的调节。
0 j' l3 B5 a7 A    DNase I仍然是TF足迹（TF footprinting）测定的首选试剂，由于TF本身对位点的保护，它可以确定TF结合位点的位置。
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图1：批量和单细胞水平的染色质可及性分析显示了假定的调控区域。
    a | 染色质的图谱表示，其中转录因子（TF）结合的增强子和基因的启动子被核糖体耗尽，从而可被访问。TFs用彩色的圆圈表示，箭头表示增强子到目标基因启动子的3D环。b | 包含三种不同细胞群的异质样本的大量和单细胞染色质可及性图谱。在进行单细胞染色质可及性分析时，稀疏的单细胞数据被用来对细胞进行聚类，通常随后对每个聚类的读数进行汇总，从而重新构建每个聚类或细胞类型的假性大体概况。

表1 ：三种最常用的染色质可及性分析方法的比较

navebayes

基础50可读性50排版55内容75其他25总计255，希望下次可以看到更深刻和丰富的内容

7先生77

是我的问题吗？怎么没看到图

LSPdaihao999

7先生77 发表于 2024-1-5 09:45
- E; `/ `8 W. J# N( f& [$ U1 `是我的问题吗？怎么没看到图

确实没有，不知道是不是复制出了啥问题，算了，看个大概吧

淮海路小佩奇i

LSPdaihao999 发表于 2024-1-5 11:55
确实没有，不知道是不是复制出了啥问题，算了，看个大概吧

复制不带图片，要上传到附件然后添加进去

navebayes

暂时不通过，请进行以下修改：
8 C/ Q# ?8 Y" [; r6 n# f  ~补充缺失资料（图片等）
排版（太乱了）
完成后预计奖励：260

luotianooo

啥意思 看懵逼了